El Consejo de Estado precisó que la creación y delimitación de áreas protegidas no genera automáticamente responsabilidad del Estado, pues las restricciones al uso del suelo se enmarcan en la función social y ecológica de la propiedad y, en principio, constituyen cargas que los propietarios deben soportar. Solo hay lugar a indemnización cuando la limitación es absoluta, permanente o desproporcionada. La Sala explicó que el verdadero alcance de las restricciones depende del plan de manejo ambiental, instrumento que define la zonificación y los usos permitidos. En ese marco, distinguió que las zonas de preservación buscan mantener intacto el ecosistema, por lo que la actividad humana está restringida, mientras que las zonas de uso sostenible permiten actividades productivas controladas —como agricultura o ganadería— siempre que sean compatibles con los objetivos de conservación. Así, la afectación a la propiedad no se presume, sino que debe acreditarse según la ubicación específica del predio y las reglas aplicables.

El Consejo de Estado se inhibió de emitir un pronunciamiento de fondo frente al cargo por presunta vulneración de las Leyes 70 de 1993 y 99 de 1993 -la primera orientada a la protección de los derechos de las comunidades afrodescendientes y su territorio, y la segunda al régimen ambiental y la organización del sistema ambiental- al constatar ineptitud sustantiva parcial de la demanda. La Sala evidenció que el actor no identificó los artículos supuestamente infringidos ni explicó el concepto de su violación, incumpliendo el requisito del artículo 162 del CPACA, lo que impide adelantar un juicio de legalidad. Reiteró que el juez contencioso no puede suplir las deficiencias argumentativas ni realizar un control oficioso. En consecuencia, por ausencia de sustento jurídico, se configuró una falta de materia para decidir. No obstante, precisó que la Agencia Nacional de Minería sí reglamentó el marco aplicable a la delimitación de Áreas de Reserva Especial mediante actos como la Resolución 546 de 2017, desarrollando las normas del Código de Minas sobre formalización minera.

El Ministerio de Ambiente introdujo cambios en el Plan de Manejo Ambiental de la zona marina protegida en los Archipiélagos de Nuestra Señora del Rosario y San Bernardo. La normativa busca fortalecer la coordinación interinstitucional, integrando de manera formal al Establecimiento Público Ambiental de Cartagena (EPA) en la administración de la parte urbana con incidencia en el área protegida. Este ajuste busca garantizar que el Modelo de Desarrollo Sostenible sea coherente con el Plan de Ordenamiento Territorial de la ciudad, asegurando una gestión unificada entre las autoridades locales y nacionales.

 El Ministerio de Ambiente aclaró que un mismo polígono territorial no puede figurar simultáneamente en el Registro Único Nacional de Áreas Protegidas (RUNAP) y en el Registro Único de Ecosistemas y Áreas Ambientales (REAA). Esta delimitación busca evitar la duplicidad de información y garantizar la coherencia del sistema ambiental.  La entidad aclaró que, aunque es viable implementar Bancos de Hábitat dentro de Reservas Naturales de la Sociedad Civil para compensaciones ambientales, esto no altera la naturaleza jurídica del suelo ni permite el doble registro. En estos casos, se debe registrar el Banco de Hábitat como instrumento de conservación, pero sin incorporar nuevamente el polígono del área protegida para no inflar las cifras de superficie conservada en el país. 

El Consejo de Estado confirmó que los predios con uso mixto en Bogotá deben aplicar la tarifa industrial del 8.5 por mil, si cuentan con certificación de bajo impacto ambiental. En el fallo a favor de Gaseosas Colombianas S.A.S., la Sala precisó que el reconocimiento en el programa PREAD (nivel Élite) clasifica automáticamente a las empresas como de bajo impacto para efectos tributarios. La providencia aclara que, según el Acuerdo 105 de 2003, cuando coexisten usos comerciales e industriales, prevalece la tarifa industrial. Así, el tribunal desestimó las pretensiones de la Secretaría de Hacienda, señalando que la realidad ambiental y el uso del suelo priman sobre el destino comercial registrado en el sistema catastral.