El Consejo de Estado declaró nulas las Resoluciones del IDU que liquidaron unilateralmente el contrato con la unión temporal Obras Viales porque se fundamentaron en actos administrativos previamente anulados por falta de competencia y violación del debido proceso. En particular, la caducidad del contrato fue declarada fuera de plazo y sin competencia, y las multas impuestas carecían de habilitación legal suficiente, afectando la presunción de legalidad. Por ello, el IDU no podrá hacer efectiva la garantía única vinculada al contrato. Además, la Sala revisó el equilibrio económico del contrato, destacando que la unión temporal aceptó los parámetros de reajustes previstos en el pliego, por lo que no hubo hecho imprevisto que justificara alteración del equilibrio. En consecuencia, se negó la liquidación judicial solicitada y se confirmó que no existen causales para modificar las obligaciones contractuales originarias.
Los decretos en los que la ANM fundamentó las resoluciones no estaban vigentes en su aplicación. En particular, la Ley 1382 de 2010, que fue reglamentada parcialmente por el Decreto 2715 de 2010, fue declarada inexequible por la Corte mediante la sentencia C-366 de 2011. El Consejo de Estado ordenó a la ANM adelantar el proceso de legalización de minería tradicional promovido por la Asociación de Mineros del Caribona Alto debido a que las Resoluciones 0498 de 9 de septiembre de 2011 (emitida por la Secretaría de Minas y Energía de la Gobernación de Bolívar) y 000646 de 23 de marzo de 2012 (proferida por el Servicio Geológico Colombiano, hoy ANM) fueron anuladas por violar el debido proceso y la reserva legal.
El Consejo de Estado, en reciente jurisprudencia, unificó criterios respecto a las salvedades y renuncias tácitas en contratos estatales. Anteriormente, existían posiciones divergentes sobre la necesidad de consignar salvedades en negocios jurídicos celebrados durante la ejecución contractual, como prórrogas o suspensiones. La Sentencia de Unificación estableció que, aunque no se consignen salvedades, el juez debe estudiar caso por caso el acuerdo de las partes y su alcance para determinar si la reclamación judicial está amparada. Además, estas sentencias unificadoras aplican el derecho positivo vigente, incluso si fueron emitidas después de sentencias previas, con lo que se busca garantizar la interpretación coherente y la aplicación justa de los contratos estatales. Así, renuncias o acuerdos pactados no son inválidos per se, siempre que no vulneren el equilibrio contractual ni la ley, y su validez será juzgada conforme a la buena fe y la naturaleza de la obligación.
El Consejo de Estado declaró la legalidad condicionada de varios apartes de decretos y resoluciones relacionados con el Sistema de Gestión del Riesgo de la DIAN debido a la necesidad de garantizar el derecho de defensa y contradicción de los administrados cuando se deciden tratamientos o beneficios tributarios, aduaneros y cambiarios con base en dicha calificación de riesgos. Aunque este sistema es una herramienta interna con información reservada para proteger intereses públicos, la Sala estableció que los interesados deben ser informados del rango del riesgo en que fueron calificados para tener oportunidad de controvertir dicha decisión. Se debe suministrar al afectado la información que sustenta la calificación, limitada a su situación jurídica particular, sin revelar los factores, criterios, procedimientos ni la base de datos del sistema, para preservar la confidencialidad y seguridad del sistema, a la vez que se protege el debido proceso, el habeas data y los derechos fundamentales de los contribuyentes.
El Consejo de Estado declaró nulos dos conceptos expedidos por la DIAN porque contradecían el artículo 519 del Estatuto Tributario al considerar la transferencia de bienes inmuebles a entidades fiduciarias como enajenación sujeta al impuesto de timbre. La Sala precisó que en los contratos de fiducia mercantil no se configura enajenación, ya que no hay transmisión real de la propiedad, sino un aporte a un patrimonio autónomo para administración. Además, se señaló que el impuesto de timbre no debe aplicarse porque no existe incremento patrimonial ni ganancia ocasional al transferir bienes a la fiducia, siendo esta una operación neutra conforme a la normativa comercial y tributaria. Por tanto, solo se causa el impuesto cuando hay enajenación real y transferencia a terceros, no en la fiducia misma.