La CGR hizo un pronunciamiento sobre el pago de facturas en el sector salud. Las Empresas Promotoras de Salud (EPS) no están obligadas a pagar facturas que hayan prescrito, es decir, cuyo plazo de cobro haya caducado. La CGR enfatiza que la acción cambiaria para estas facturas prescribe en tres años desde su vencimiento, y la acción ejecutiva en cinco años. Es crucial que la EPS haya adelantado gestiones de conciliación o aclaración de cuentas. Pagar obligaciones prescritas podría acarrear responsabilidad fiscal y disciplinaria para los funcionarios. En lugar de pagar, las facturas prescritas deben someterse a procesos de saneamiento y depuración de cartera, siendo la prescripción una causal válida para darlas de baja contablemente. Las facturas deben ser exigibles en tiempo y oportunidad.

El Consejo de Estado examinó la legalidad de la Resolución 3797 de 2004, expedida por el entonces Ministerio de Salud, que reglamentó el funcionamiento de los Comités Técnico-Científicos y fijó el procedimiento para el recobro ante el Fondo de Solidaridad y Garantía (Fosyga) por medicamentos no incluidos en el POS y por órdenes derivadas de fallos de tutela. La Sala analizó si el ministerio desbordó su potestad reglamentaria al establecer requisitos y condiciones para el reconocimiento y pago de esos recobros. Concluyó que la entidad sí tenía competencia para desarrollar operativamente el sistema y definir mecanismos de control, verificación y trámite, en aras de proteger los recursos públicos del sistema de salud.

La SuperSociedades aclaró que las IPS estaban inicialmente excluidas de la Ley 1116 de 2006 para procesos de insolvencia. El Decreto Legislativo 560 de 2020, que ofrecía medidas transitorias por la pandemia, ya no es aplicable, pues perdió su vigencia. Sin embargo, la Ley 2437 de 2024 incorpora permanentemente muchas disposiciones del Decreto 560. Crucialmente, su Artículo 7 permite a las IPS (anteriormente excluidas de la Ley 1116) adelantar un "Procedimiento de Recuperación Empresarial" ante las cámaras de comercio. Esta nueva legislación no está condicionada por las causas de la pandemia y aplica a sus destinatarios en los términos establecidos.

La Corte Constitucional concedió la tutela a un trabajador en misión despedido sin autorización del Ministerio del Trabajo, pese a estar amparado por el fuero de salud. Ordenó su reintegro a la empresa de servicios temporales y a la empresa usuaria, al considerar que el límite de un año para este tipo de contratación no justifica desconocer la estabilidad laboral reforzada. La Corte reiteró que el despido de trabajadores con afectaciones de salud requiere autorización previa y causa objetiva, cuya prueba corresponde al empleador. También protegió la intimidad al prohibir exigir historias clínicas y ordenó eliminar esos registros, y pidió agilizar la calificación de pérdida de capacidad laboral.

El Consejo de Estado decretó la suspensión provisional del Decreto 0858 de 2025 al advertir, en un análisis preliminar, que el Gobierno nacional habría excedido su potestad reglamentaria y vulnerado el principio de reserva de ley. La Sala consideró que el decreto no se limita a reglamentar la normativa vigente, sino que regula de manera integral y estructural elementos esenciales del Sistema General de Seguridad Social en Salud, como el modelo de prestación, la organización territorial, la gobernanza del sistema y el rol de las EPS, materias que corresponden al Congreso. Además, estimó que el acto podría afectar el derecho fundamental a la salud sin el trámite legislativo correspondiente y que se omitió la consulta previa a comunidades indígenas, pese a una posible afectación directa.