La Contraloría General de la República concluyó que sí es jurídicamente procedente que una entidad estatal, incluso una entidad descentralizada indirecta que actúe como ejecutora de recursos del Sistema General de Regalías (SGR), aplique el artículo 86 de la Ley 1474 de 2011 y adelante procesos administrativos sancionatorios en contratos financiados con dichos recursos. Señala que los ejecutores del SGR celebran contratos sometidos al Estatuto General de Contratación Pública y, por tanto, cuentan con facultades excepcionales para declarar incumplimientos, imponer multas y sanciones y hacer efectiva la cláusula penal, siempre garantizando el debido proceso. La CGR resalta que estas herramientas deben usarse para proteger la destinación específica de las regalías y evitar detrimentos al patrimonio público, sin que el origen de los recursos limite el ejercicio de dichas potestades.
Según la CGR, no establece metodologías para la gestión contable y administrativa de deudas de EPS de vigencias anteriores con recursos de UPC. Su auditoría de 2020, que halló pagos de deudas previas con UPC, fue un reproche fiscal específico, no un mandato general. El Ministerio de Salud y la Superintendencia Nacional de Salud son los entes reguladores que definen los mecanismos para el uso, flujo y saneamiento. Las EPS deben mantener reservas técnicas (Decreto 780/2016) para obligaciones pendientes. La CGR verifica el cumplimiento de la norma existente, sin dictar cómo deben administrar.
La Contraloría General de la República abordó el plazo máximo para realizar operaciones presupuestales como adiciones o traslados sin vulnerar el principio de anualidad. Subraya que el año fiscal culmina el 31 de diciembre, fecha tras la cual las apropiaciones caducan. No obstante, el principio de anualidad no es absoluto, permitiendo excepciones cruciales para la gestión pública. Se destacan las reservas presupuestales, para compromisos legalmente adquiridos pero no ejecutados en la vigencia, y las vigencias futuras, un instrumento esencial para financiar proyectos de inversión de carácter plurianual. Ambas figuras, aunque excepcionales, garantizan la continuidad de proyectos estratégicos y una planeación presupuestal eficiente, siempre bajo condiciones y límites estrictos definidos para su aplicación.
De acuerdo con el análisis de la CGR una entidad solo deja de ser sujeto de control fiscal cuando hay certeza del cese legal de actividades y de que ya no administra recursos públicos. El procedimiento reglado (Res. 0150/2025) exige pruebas suficientes de que no hay recursos públicos involucrados o que estos han sido debidamente liquidados. Sin esa certeza probatoria, deben seguir siendo sujetos de control fiscal. La CGR no considera procedente la exclusión automática. Aunque las entidades estén "en liquidación" e inactivas, su estado en el RUES es "activo".
La Contraloría General de la República (CGR) establece que cuando el porcentaje de utilidad razonable no se pacta en la etapa de planeación del proyecto (estudios previos, estudio de mercado, documentos técnicos) ni en la minuta contractual, se debe reconocer un 5% al contratista. Esta posición, adoptada desde 2020, se fundamenta en la jurisprudencia del Consejo de Estado, que ha indicado que el 5% es un porcentaje racional y justo, normalmente esperado en los contratos estatales. Aunque la utilidad es un componente del precio y un beneficio esperado, no se considera un elemento esencial del contrato estatal. En estos casos, la razonabilidad se puede verificar consultando precios de mercado y utilidades habituales en transacciones similares.
La CGR precisó que los derechos por el servicio de garantías mobiliarias operado por Confecámaras son recursos públicos, caracterizados como "tasas" según la Ley 1676 de 2013, y no un "precio" como argumenta Confecámaras citando la Ley 2470 de 2025. La CGR enfatiza que la Ley 1676 es la norma especial que define estos derechos, derivados de un servicio público, como tasas, lo cual legitima el control fiscal sobre Confecámaras. La Contraloría considera que la Ley 2470 de 2025 es una norma general y no modificó la naturaleza jurídica de estos recursos, aplicando el principio de prevalencia de la norma especial.
La Contraloría General de la República precisó que las cámaras de comercio no pueden otorgar trato preferencial a los afiliados en programas financiados con recursos públicos provenientes de excedentes de la función registral, cuando ello implique beneficiar de manera exclusiva a un grupo o generar ingresos o ventajas de naturaleza privada. Estos recursos tienen carácter público, conservan una destinación específica de interés general y no ingresan al patrimonio de la cámara. Si bien la Ley 1727 de 2014 autoriza incentivos y trato preferencial, estos solo son admisibles en programas generales de fortalecimiento empresarial, no en servicios especiales para afiliados ni en actuaciones que desconozcan los principios de la función administrativa y del control fiscal .
La Contraloría General de la República aborda la figura del AIU en contratos de obra pública. Respecto a los imprevistos, la CGR avanza hacia una nueva postura institucional que exigirá a los contratistas demostrar su causación para el pago. Se busca evitar la apropiación injustificada, garantizando la buena fe y equidad contractual. No existe un porcentaje máximo legal establecido para los imprevistos; su valor se calcula según la información de mercado en la fase de planeación y se pacta en el contrato. De igual forma, no hay un tope máximo fijado para las utilidades, pues su determinación es facultad discrecional del proponente tras un estudio de mercado.
La CGR confirma la validez de providencias mixtas en procesos de responsabilidad fiscal, siempre que se respeten los procedimientos y el derecho a la defensa. Las solicitudes de nulidad pueden resolverse junto a decisiones de fondo; si prosperan, anulan y retrotraen actuaciones; si se niegan, son apelables. Respecto a la caducidad, la segunda instancia, en grado de consulta, puede revisar integralmente, corregir errores, declarar nulidades, revocar o sustituir la decisión de primera instancia, o devolver el proceso para su saneamiento y continuación si considera que la caducidad no ha operado.
La Contraloría General de la República (CGR) indica que en contratos financiados con regalías, los ahorros o excedentes generados por la ejecución con menor costo o unidades no consumidas, en general, deben reintegrarse al Estado, no constituyendo una utilidad legítima para el contratista, especialmente en contratos a precios unitarios. En contratos a suma alzada, si el objeto se cumple totalmente, no hay excedente a reintegrar, pero la CGR evaluará la razonabilidad del precio pactado. Respecto al control fiscal, la CGR está plenamente facultada para requerir a los contratistas que manejan fondos públicos toda la documentación de soporte de gastos (facturas, comprobantes) para verificar el uso adecuado de los recursos, prevenir sobrecostos y proteger el patrimonio público, basándose en la Constitución y leyes de control fiscal.