El Consejo de Estado señaló que la actividad contractual del Estado se desarrolla principalmente mediante contratos y convenios. Los contratos estatales implican acuerdos con intereses contrapuestos entre la administración y el contratista, orientados a cumplir cometidos públicos con contraprestación económica, sujetándose principalmente al régimen general de contratación pública. Por el contrario, los convenios buscan promover objetivos comunes entre las partes sin contraprestación, caracterizándose por su naturaleza colaborativa y sometiéndose a reglas específicas de autonomía de la voluntad. En particular, los convenios para actividades de ciencia y tecnología se rigen por un régimen especial basado en el derecho privado, conforme a normas como el Decreto Ley 393 de 1991 y la Ley 29 de 1990, que excluyen la aplicación del Estatuto General de Contratación Pública, privilegiando la cooperación y la gestión compartida en el fomento científico y tecnológico.

Para la Sala, “partiendo de la distinción entre base imponible normativa, que es la definida de forma general y abstracta en la ley, y base imponible fáctica, entendida como la correspondiente a cada caso que se subsume en la disposición, el ordenamiento establece métodos de determinación de las bases imponibles, que actúan como instrumentos para transitar de la base normativa a la fáctica. Según el mayor o menor apego que tengan esos métodos con la realidad, se tiene, de una parte, la «determinación» como medición directa o cierta de la realidad para obtener la base imponible, y, de otra, la «estimación», que abandona la realidad, a cambio de la cual se miden hechos alternativos legalmente señalados. De ahí que, en aras de la mayor realización posible del principio de capacidad económica, el método aplicable, con carácter general, sea el de determinación «directa», basado en datos suficientemente contrastados. En el otro extremo, se sitúa la «estimación objetiva», caracterizada porque la cuantificación se logra usando porcentajes o módulos que arrojan resultados iguales para cada actividad o grupo de obligados que la empleen –de ahí su carácter objetivo–, que en nada coinciden con los rendimientos reales. La adopción de esta clase de instrumentos obedece a razones de simplicidad, pero principalmente, de incapacidad administrativa para comprobar la realidad. Y, por último, hay regímenes de «estimación indirecta», cuyo rasgo definitorio estriba en que, debido a la imposibilidad de emplear datos reales del sujeto o hecho gravados (mayormente a causa de que se haya incumplido algún deber formal por parte del obligado), se estiman «ad simile» las cifras, sirviéndose analógicamente de los datos que existan sobre sujetos o hechos semejantes, para lo cual los valores se calculan indiciariamente, a partir de los rendimientos, ventas o costos normales que se conozcan con certeza respecto del sector productivo del que se trate. Pero siempre resulta notoria la elasticidad e imprecisión del método de estimación indirecta porque, habida cuenta del gran espectro de las actividades económicas, a la norma le es imposible predeterminar cuáles y de qué tipo pueden ser los datos con los que se podrá obtener la cuantificación que requiere el caso. Algunos ordenamientos comparados contemplan previsiones generales sobre el alcance que tiene cada uno de esos tres métodos en la totalidad del sistema tributario –de lo cual son ejemplo los artículos 50 a 53 de la Ley General Tributaria española (Ley 58/2003)–, pero así no sucede en la normativa fiscal colombiana”.

El Consejo de Estado determinó que no son nulos los actos que reliquidaron la tasa retributiva de vertimientos, aunque no se ponderaron los esfuerzos de Metroagua ESP en liquidación para mitigar el impacto ambiental vía el Emisario Submarino, porque las normas aplicables no exigen considerar tales esfuerzos para la liquidación del tributo. Asimismo, no se declararon nulos los actos por falta de definición expresa sobre el sitio para la valoración del caudal contaminante, ya que la regulación indica que la muestra debe tomarse antes de la descarga al recurso hídrico, no después. Además, el Consejo estableció que sí se explicó adecuadamente la forma de liquidación de la tasa en la factura y que existió un anexo explicativo que determinó la metodología utilizada, rechazando la afirmación de falta de información y garantizando el debido proceso y derecho de defensa.

La Sala reiteró que el Consorcio Fidufosyga 2005 contó con la oportunidad de pronunciarse sobre el incumplimiento que le endilgó la demandada incluso contradiciendo los medios de prueba que se adujeron en su contra, con anterioridad a la expedición de los actos administrativos acusados. La Sala destacó que de las pruebas que obran en el expediente, se puede advertir que si bien los términos señalados en el manual de contratación de la parte demandada (MinSalud) no se siguieron de manera estricta esto obedeció a la complejidad de la ejecución del Contrato, como lo advirtieron los actos administrativos demandados, situación que se encuentra prevista en el mencionado manual, al subrayar que los términos allí podían ser ampliados y ajustados según la complejidad y condiciones del asunto a tratar.

El Consejo de Estado confirmó el auto que negó la medida cautelar de suspensión provisional contra la Resolución de la SSPD que sancionó a Aguas de la Sabana S.A. E.S.P., porque el recurso de apelación no cumplió con la carga argumentativa mínima requerida para controvertir los fundamentos del Tribunal de primera instancia. La sanción impuesta se debió a incumplimientos relacionados con la facturación del servicio de acueducto, específicamente la aplicación incorrecta de normas sobre medición y cobro del servicio, hallándose ausencia de condiciones para decretar la suspensión provisional. Además, se consideró menos perjudicial negar la medida cautelar que concederla, dado que la multa protege derechos de los usuarios y garantiza el cumplimiento regulatorio. La apelante no demostró argumentos concretos para revocar la decisión judicial inicial ni cumplió con la exigencia de discutir las condiciones para la suspensión provisional, por lo cual se confirmó la negativa a la medida cautelar.