El demandante indicó que como Transmilenio es una empresa distrital, estaría dentro de la excepción que establece el numeral 2° del artículo 41 del decreto 2741 de 2001, y quien ejerce las funciones de inspección, vigilancia y control es la Secretaría Distrital de Movilidad. Para la Sala, La Superintendencia de Puertos y Transporte por delegación del Presidente de la República ejerce las funciones de inspección, vigilancia y control respecto del sector y sistema nacional de transporte, a su vez, son parte de este sistema los organismos de tránsito y transporte, tanto terrestre, aéreo y marítimo e infraestructura de transporte de las entidades territoriales y demás dependencias de los sectores central o descentralizado de cualquier orden, que tengan funciones relacionadas con esta actividad. Por su parte, la Empresa Transmilenio S.A., es una sociedad gestora del Sistema de Transporte Público Masivo, que entre otras funciones debe gestionar, planificar y organizar dicho sistema. En consecuencia, si bien la Empresa Transmilenio S.A., según lo dispuesto en el Acuerdo 04 de 1999 y los decretos reglamentarios, no presta directamente el servicio de transporte, sí ejerce funciones relacionadas y conexas con la actividad de transporte, esto en su calidad de empresa gestora, por lo que la Sala reitera sí hace parte del Sistema Nacional de Transporte. “No habría duda, entonces, respecto a la competencia de la SuperPuertos para someter a control a la Empresa Transmilenio S.A., pues al hacer parte del sistema, es sujeto pasivo de las funciones de inspección, vigilancia y control que le fueron delegadas”.

Las demandas acumuladas coinciden en solicitar que, a título de restablecimiento del derecho, se declare que el IDU no podía hacer efectiva garantía de calidad de los contratos de diseño e interventoría, y que se reembolse el valor pagado por dicho concepto. En consecuencia, al declararse la nulidad de los actos demandados, la Sala accedió a dicha pretensión y condenó al IDU a reintegrar a los integrantes del Consorcio Los Héroes y a los integrantes del Consorcio Intervías la suma de dinero que hubieran pagado en virtud de la declaratoria del siniestro. Para este efecto, los integrantes de los dos consorcios deberán presentar una cuenta de cobro en la que debe especificar la fecha del pago, su correspondiente soporte y realizar la correspondiente actualización. Respecto de los valores reconocidos no procede el pago de intereses moratorios porque la obligación de reintegro solo surge una vez se encuentre en firme la condena.

De acuerdo con la providencia, la Corporación Autónoma del Atlántico no adelantó acciones pertinentes y oportunas para evitar el secado del recurso hídrico del humedal y si bien no se había probado el nexo causal de la situación que afrontó la Ciénaga El Rincón o Lago del Cisne, las acciones ejercidas por la Corporación, a efectos de recuperar el recurso hídrico de la Ciénaga, no eran suficientes si se pretende evitar un daño contingente que a futuro se pueda presentar con los cambios climáticos ni garantizan a futuro la sostenibilidad hídrica y la ronda de la Ciénaga.

El Consejo de Estado declaró ajustada al ordenamiento jurídico la Resolución 2079 del 27 de octubre de 2009, emitida por MinAmbiente, a través de la cual hizo explícita la necesidad de adelantar el proceso de declaratoria, reserva, delimitación y alinderamiento del Parque Nacional Natural Yaigojé-Apaporis, ubicado entre Vaupés y Amazonas, respetando el marco constitucional y el Convenio 169 de la OIT, a efectos de garantizar la participación de las comunidades indígenas que puedan resultar afectadas. Para la Sala, existió consenso entre las comunidades pertenecientes a la Asociación de Capitanes Indígenas de Yaigojé-Apaporis –ACIYA– sobre la necesidad de acudir a la figura de Parque Nacional Natural, como el mecanismo más adecuado para preservar el área considerado como «un lugar sagrado».

Aunque las reglas del derecho civil determinan que, ante la mora del deudor, el acreedor está habilitado para, simplemente y junto con la indemnización de los perjuicios causados, definir si accede al cumplimiento tardío de la obligación, en el escenario de la contratación estatal estas reglas deben acompasarse con las prerrogativas que el ordenamiento jurídico otorga a las entidades públicas, así como interpretarse a la luz de las finalidades de la actividad contractual del Estado.  Las reglas sobre la mora y las formas para enervarla en los términos previstos en el Código Civil, se entienden y aplican bajo la lógica de los principios y las normas de la contratación estatal, en especial, con la posibilidad de que ante el incumplimiento del objeto convenido, la entidad pública ejerza las facultades que el Estatuto General de la Contratación Pública (artículos 15, 16, 17, 18 y 19) prevé para “evitar la paralización o la afectación grave de los servicios públicos a su cargo y asegurar la inmediata, continua y adecuada prestación”, así como las potestades de imponer las multas o cláusulas penales pecuniarias que en virtud de la autonomía negocial se hubiesen pactado en el contrato, en los términos de la Ley 1150 de 2007 (artículo 17), en armonía con la Ley 1474 de 2011 (artículo 86).  En principio, el vencimiento del plazo de ejecución del contrato no impide que la entidad pueda recibir las prestaciones ejecutadas por el contratista, pues estando aún vigente el negocio jurídico, las partes pueden llegar a acuerdos sobre subsanaciones por calidad del bien, acabados de las obras o ejecuciones accesorias al servicio hasta determinar su balance definitivo al liquidar y finiquitar el vínculo contractual, todo esto sin perjuicio de las potestades y facultades para lograr la finalidad pública propuesta. Aun cuando la prestación a cargo del consorcio se cumplió tardíamente, el INVÍAS, en un comportamiento que debió estar acompañado de la formalización de los acuerdos pertinentes, lo propició y aceptó de forma expresa, formalizando esa conducta bajo el “acta de entrega y recibo definitivo”, por lo que a la luz de la buena fe contractual, tal comportamiento no puede ser interpretado en contra de los derechos remuneratorios del contratista, quien por la circunstancias anotadas, obró bajo la creencia de que la entidad contratante estaba de acuerdo con que el objeto del contrato se ejecutara vencido el plazo del contrato.