El Ministerio de Ambiente concluyó que la autoridad competente para expedir la reglamentación sobre el proceso de elección del rector o su representante ante el Consejo Directivo de la CAR es la misma Corporación en ejercicio de su autonomía, no el Gobierno Nacional. La jurisprudencia del Consejo de Estado ha declarado inválidos los decretos que establecen procedimientos especiales para designar Directores Generales de las CAR, argumentando que la ley no impuso tales métodos y que el reglamento no puede vulnerar la autonomía de estas corporaciones. Así, conforme al artículo 26 de la Ley 99 de 1993 y al Decreto 1076 de 2015, corresponde a las asambleas corporativas, a través de sus estatutos, definir el procedimiento electoral, garantizando la participación de la academia y la autonomía de la CAR.