Colombia Compra Eficiente aclaró que el SECOP II es una plataforma transaccional para gestionar en línea los procesos de contratación pública, pero no es un gestor documental ni reemplaza la responsabilidad de las entidades estatales en la custodia y archivo de sus expedientes contractuales. Las entidades deben garantizar la integridad, conservación y completitud de los documentos, implementando medidas complementarias para ello. La plataforma posibilita la firma electrónica de contratos y la conformación de expedientes electrónicos, agilizando procesos y asegurando la publicidad conforme a la ley. Sin embargo, el flujo de aprobación en SECOP II no sustituye las formalidades internas definidas en los manuales de contratación. Colombia Compra Eficiente solo tiene competencia para emitir conceptos generales y no validar situaciones particulares, correspondiendo esta función a los entes de control y la Justicia.