Los comentarios de Ecopetrol sobre la Guía para Entidades Estatales con Régimen Especial de Contratación destacan que, como sociedad de economía mixta regida por derecho privado, sus actos y contratos están sujetos a este régimen, no al Estatuto General de Contratación Pública. Bajo esta autonomía contractual, Ecopetrol solicita pactar cláusulas como multas penales o terminación anticipada, siempre respetando normas imperativas, buenas costumbres y buena fe, sin que dichas cláusulas sean consideradas exorbitantes. La jurisprudencia del Consejo de Estado respalda esta autonomía y facultades contractuales. Se recomienda que la Guía precise que entidades bajo régimen privado pueden establecer y hacer efectivas dichas cláusulas conforme a lo pactado, distinguiéndolas de las normas aplicables a entidades públicas tradicionales.