En cuanto al manejo presupuestal, si el capital público de una empresa mixta oscila entre el 50% y el 89%, se rige por el derecho privado, siendo su órgano de gobierno social el responsable de la aprobación del presupuesto. Si el capital público es igual o superior al 90%, aplicará el régimen de Empresas Industriales y Comerciales del Estado.
Respecto al control fiscal en estas empresas, este se ejerce sobre los aportes, actos y contratos celebrados por el accionista o socio estatal, y sobre los bienes de propiedad del Estado, no sobre la totalidad de la empresa. El régimen contable se rige por la Ley 1314 de 2009 y las normativas de la Contaduría General de la Nación, con clasificaciones para el reporte de información basadas en la naturaleza y tamaño del prestador.
