La Comisión de Regulación de Agua Potable y Saneamiento Básico (CRA) no tiene competencias directas para regular el uso de aguas subterráneas. Según lo establecido en la Ley 99 de 1993 y la Ley 142 de 1994, las autoridades ambientales competentes son las encargadas de esta regulación. Para la Sabana de Bogotá, corresponde a la Corporación Autónoma Regional de Cundinamarca (CAR), y en el resto del país, a la corporación autónoma o autoridad ambiental que tenga jurisdicción en la zona donde se pretenda aprovechar el recurso hídrico subterráneo.