Los costos operativos se dividen en costos operativos particulares (como energía eléctrica y insumos químicos) y costos de administración eficientes, que deben ser sustentados mediante estudios de costos. Para incluir costos de nuevas Plantas de Tratamiento de Aguas Residuales (PTAR), es necesario contar con la certificación de la autoridad ambiental respecto al caudal tratado. Estas inclusiones de costos deben ser ajustadas y documentadas siguiendo procedimientos establecidos, y la empresa debe remitir la información a la Superintendencia de Servicios Públicos Domiciliarios.La CRA precisa que, para incluir costos operativos y administrativos en las tarifas de alcantarillado, las empresas deben seguir un procedimiento específico bajo la metodología tarifaria contenida en la Resolución CRA 688 de 2014, compendiada en la Resolución CRA 943 de 2021. Esta metodología define los parámetros para calcular costos de administración, operación, inversión y tasas ambientales.